南京天光所的总体发展目标为：具体实施我国天文学在天文技术方面的长远发展规划和可持续发展战略，发展和跟踪与现代天文学密切相关的高新技术，承担LAMOST等国家重大以及中型地面和空间天文设备的研制和预研，同时在其它领域中发挥优势并相互推动高科技的发展。将研究所办成我国天文光学高新技术研究和发展基地、国家大型天文设备的研制基地以及高级人才的培养基地。

　　南京天光所中长期发展战略为：在努力保证国家重大科学工程项目LAMOST圆满完成的基础上，以30-100米光学/红外望远镜的方案和关键技术预研为主，努力发展各项天文高技术并广泛开展国际合作，将天光所办成国内一流，在国际上有重要影响的天文技术研究所。